根据上述职责，县环境保护局设4个职能科室。
（一）办公室
组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、会务、督办、机要、保密、档案、信息、信访、政务公开和后勤保障工作；负责综合性文稿的起草工作；组织综合性调研及重大专题调研；组织开展环境保护宣传教育工作；负责局机关并指导所属单位机构编制、人事管理、计划生育、离退休人员管理服务、党群等工作。
组织编制环境功能区划和环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；提出环境保护领域固定资产投资规模、方向和县级资金安排意见；负责局机关并监督所属单位财务、国有资产管理工作；管理排污费的征收工作。
拟订我县环境保护政策并组织实施；组织开展环境保护执法检查活动；承担局机关行政复议、行政应诉等工作；指导全县环境保护普法工作；贯彻落实国家、省、市环境监测制度和规范，组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织建设和管理全县环境监测网和环境信息网；建立环境质量公告制度，统一发布全县环境综合性报告和重大环境信息。
（二）环境管理科
承担环境保护科技工作；管理环境保护科研项目和科技成果；指导和推动环保产业发展；参与指导和推动循环经济发展；承担规划、政策、项目环境影响评价工作；监督管理环境影响评价机构资质；负责对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的乡镇，暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目环境影响评价文件的工作；负责危险固体废物异地转移、危险废物收集、贮存、处置、经营活动许可工作；负责建设项目环境影响评价报告审批、污染防治设施竣工验收、污染防治设施拆除或闲置许可工作；负责排污许可工作。
（三）污染防治与应急管理科
拟订大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车污染防治规划并对实施情况进行监督；组织实施排污申报登记制度、主要污染物排放总量控制和跨界河流断面水质考核等环境管理制度；组织实施城市环境综合整治定量考核工作；拟订并监督实施重点流域污染防治规划和饮用水水源地环境保护规划；承担环境安全应急日常管理工作；负责组织编制、修订环境安全应急预案并组织应急演练；负责环境应急信息通报，组织开展应急预警工作；牵头协调重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理；指导、协调各乡镇重特大突发环境事件的应急工作；负责应急处理处置设施建设和运行的监督。
负责全县辐射安全的监督管理；拟订全县辐射安全政策、规划；负责辐射环境事故应急处理工作；监督管理放射源安全；监督管理电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；负责放射性废物管理工作；承办有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外环境保护事务。
(四)自然生态保护科
监督各种类型的自然保护区、风景名胜区的环境保护工作；协调、监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；协调指导农村生态环境保护，监督生物技术环境安全，牵头生物物种资源（含遗传资源）保护和管理工作，组织协调生物多样性保护。
五、人员编制
县环境保护局机关行政编制8名，配备局长1名、副局长3名。
党群组织按有关章程设立，由机关人员兼职负责具体工作。纪检、监察机构编制按有关规定执行。