（一）鱼台县污染物排放总量控制办公室
负责调度全县主要污染物总量分解落实情况；考核总量控制目标责任书的落实情况及主要污染物消减量；检查与总量相关的重点治理项目建设进度和运行情况；负责“以奖代补”；研究提出有关总量控制对策措施；负责环境统计工作。
（二）鱼台县人工湿地管理办公室
开展人工湿地建设科学研究、试点和推广工作；对我县10万亩湖区湿地科学规划，分类指导，全面推进人工湿地建设。
（三）鱼台县环境监察大队
对排污单位进行现场检查，并依法收取排污费，保护鱼台环境；负责污染防治、生态环境、排污费监察。
（四）鱼台县环境监测站
负责环境质量、专项环境、污染源监测、环境监测服务。