党的十六大以来，供销合作社大力实施“新农村现代流通服务网络工程”，加快运用现代流通方式改造传统经营网络，积极恢复重建网络空白地区经营阵地，并在全国和区域性重要物流节点建网布局，目前已基本构建起覆盖全国的农业生产资料、日用消费品、农副产品、再生资源等新型经营服务网络，在服务城乡现代流通中的主导作用日益凸显。
农业生产资料经营服务网络基本形成
近年来，供销合作社以提升农资供给保障能力和技术服务水平为重点，全面加快农资现代经营服务网络建设。
为加快推进农资连锁网络全覆盖，供销合作社一方面在粮食主产区、重点交通枢纽、港口码头等重要节点建设农资物流园区和仓储设施，另一方面，大力发展统一配送、统一价格、统一标识、统一服务的农资连锁网点，扩大网络覆盖面。目前，供销合作社已发展农资连锁网点26万多个，覆盖全国80%以上的乡镇，农资供应量占到全社会的70%，并承担了70%的国家化肥商业储备和救灾储备。
为从源头上保障农资供应稳定，供销合作社系统的大型农资企业着重加强了上游资源基地建设，打造全产业服务链条。消化了农资上游上涨成本，抑制了价格过快上涨，让农民得到了实实在在的利益。
农村日用消费品经营网络初具雏形
近年来，供销合作社以县域物流配送中心建设为支撑，按照“小超市、大连锁，小网点、大网络”的发展思路，推进连锁超市、便利店等新型农村零售终端建设。目前，供销合作社已初步形成了县有配送中心、乡有综合超市、村有便利店的日用消费品连锁经营体系，连锁网点覆盖全国三分之一以上的行政村。
大型连锁经营企业不断崛起。随着农村市场的开拓，新合作、江苏苏果、四川老邻居等一批供销合作社日用消费品连锁经营企业发展壮大，跻身行业发展前列。近年来，“新合作”等大型连锁经营企业还积极挺进二三线城市，加快建设购物广场、大卖场等适合城市消费特点的大型综合商场，形成了城乡一体的经营模式。供销合作社依托日用消费品连锁经营网络，充分发挥“一网多用”的优势，积极拓展家电、图书、药品等连锁经营业务，并与邮政、电信、保险等部门合作，代办报刊征订、手机充值、保险代理等业务，既方便了群众，也拓展了新的消费空间。
农副产品现代购销网络快速铺开
近年来，供销合作社在农产品主产区建设了一批经营规模大、辐射范围广的大型专业批发市场，在主销区和集散地建设了一批具备综合服务功能的现代化农产品物流园区，在城市社区大力发展农贸市场、菜市场、社区菜店、生鲜超市、平价商店等零售网点，逐步构建起大中小市场相结合、布局合理、功能完善的农产品市场网络。2011年，供销合作社系统农产品市场交易额达2461亿元，其中交易额亿元以上的市场有256个。
为提升农产品流通的现代化水平，供销合作社顺应发展农产品大市场大流通的需要，着力加强农产品流通基础设施建设。目前，已对200多家全国或区域性重点农产品批发市场实施改造升级，建立完善了市场的仓储运输、加工配送、检验检测、电子结算和信息服务等功能，显著改善了交易条件和交易环境，大幅提升了市场的集散吞吐功能，带动了区域性优势农产品基地建设和农民增收。
再生资源回收利用网络扎实推进
长期以来，我国再生资源行业普遍存在技术装备落后、回收利用率低、二次污染严重等问题。为扭转这种局面，供销合作社系统的中国再生资源开发公司、安徽双赢再生资源公司等行业龙头企业，集中力量投资建设了一批高水平的再生资源循环利用产业园区，引进国际先进的行业理念、技术装备、工艺流程，深入推进再生资源绿色回收和精深加工，大幅提升了再生资源的综合加工利用水平。
目前，供销合作社年再生资源回收额1500多亿元，占全社会回收总额的50%以上。供销合作社系统已建成300多家年回收再生制品超20万吨、年产值超10亿元的再生资源产业园区，相当于每年节约标准煤8400万吨，减少二氧化碳排放9000万吨。