农民专业合作社是一个新型的市场主体，是农业规模化、集约化经营的载体，它的规范和健康发展关系到我国农业现代化建设的进程。《农民专业合作社法》颁布一年多以来，各级党委和政府为农民专业合作经济组织的发展创造了宽松良好的环境，使其发展呈现了良好的势头。但一些地方重建轻管的现象必须引起足够的重视。要使农民经济合作组织从单纯的量的扩张向量质并举方向转变，保证农民合作经济组织健康有序发展。
一要注重正确引导。实践证明，农民合作经济组织是广泛受到农民欢迎的一种组织形式。党的十七届三中全会从中国特色社会主义事业总体布局和全面建设小康社会战略全局出发，描绘了我国农村全面小康建设的宏伟蓝图，制定了新形势下推进农村改革发展的行动纲领。我们要正确领会全会精神，在实际工作当中，在相关的法规、政策的制定、执行当中，要严格地依照法律规定，立足于尊重农民专业合作社的自主发展。在农民合作经济组织建设上，做到推动不强迫、扶持不干预、参与不包办，不搞一刀切，更不能设定一个标准，想象一个模式，采取定任务、下指标的方式，干预农民合作经济组织行为。要鼓励和引导农民因地制宜，多途径、多层次、多形式发展，承认和允许其经营方式和水平的千差万别，做到农民合作经济组织主体的多元化，用心培育和形成一批不分类型、各具特色、有自主品牌、运行基本规范、产业优势比较明显、经济实力和竞争力较强、示范和带动农民增收的农民合作经济组织。对政策没有规定、一时又拿不准的，要组织试点，取得经验后再在面上推开，以少走弯路，避免损失。
二要保证入社和退社的自由。《农民专业合作社法》明确规定，合作社成员入社自愿，退社自由。党的十七届三中全会决议指出：按照服务农民、进退自由、权利平等、管理民主的要求，扶持农民专业合作社加快发展，使之成为引领农民参与国内外市场竞争的现代农业经营组织。要把以农民为主体发展农民专业合作社的基本方针贯穿始终。农民有权决定是否成立合作社，有权决定与哪些人采取什么样的形式发展合作社，有权自主决定合作社的内部有关制度等等。要特别防止以运动的形式去发展所谓的“农民专业合作社”，防止以行政手段强迫命令农民参加专业合作社或者是强迫农民参加指定的所谓“农民专业合作社”。任何单位和个人，不得以任何借口和理由，干扰合作社正常的经营活动，更不得妨碍和阻挠合作社成员入社和退社。一旦发生这样的事情或接到举报，地方政府或有关部门要坚决进行制止或干预，保证合作社成员的合法权益不受侵害。
三要主动协调解决问题。要切实转变机关作风，政府的相关部门要主动上门，帮助协调解决农民专业合作社及社员在资金、农业生产技术、土地、建办项目及手续、人才招聘等方面存在的矛盾和问题，能解决的现场解决，暂时不能解决的要说明原因，尽快帮助解决。要建立联席会议制度，由党委政府分管负责人牵头，相关部门参加，定期研究协调解决问题。政府相关部门要与农民专业合作社挂钩联系，并实行首问负责制，保证发生问题有人问有人管，并能及时解决。
四要加大人才培训力度。要制定和实施农民专业合作社人才培训规划。重点培训以理事长为主的农民专业合作社经营管理人才、以会计为主的农民专业合作社理财能手、以生产和初加工技术为主的种养能人、以经管干部为主的县乡基层业务辅导员。定期召开会议，交流合作社经营和管理的经验和做法，并请专家点评。要组织法律法规的学习宣传，保证农民专业合作社的生产经营活动遵守法律和行政法规，遵守社会公德和商业道德，诚实守信。要组织到先进地区参观学习，取长补短。培养造就一支善经营、会管理、懂技术、有奉献精神的农民专业合作社经营管理人才队伍，培养造就一支政策理论水平高、业务工作本领强、热心合作事业的农民专业合作社业务辅导员队伍。
五要加强内部制度建设。依法规范和发展农民专业合作社，严格内部运行机制，特别是在股金管理、财务管理、民主决策、收益分配、产品交易等方面，要建立一套比较完整规范、便于操作的制度，并依法接受全体社员的监督。
六要形成特色和优势。要鼓励和引导合作社形成自己的主导产品，大力开发新产品，在名特优上下功夫，做到人无我有，人有我优，人优我特，并从一般种养殖业向加工、流通、服务等领域拓展。要帮助和引导合作社走城乡互动、协作联姻之路，成立农民专业合作社联合社或联合会，携手融资、做大做强、抵御风险。还要防止和克服农民专业合作社产品销售被龙头企业和专业大户垄断，培养和建立合作社自己的营销队伍，实现效益最大化，让全体成员享受到通过专业合作社参与市场竞争得好处，真正让农民群众得实惠。