一、生物性有害因素。细菌、真菌、病毒和寄生虫是常见的生物性有害因素。许多生物性因素对人类并不致病，有些细菌、真菌对人类还是有益的，如霉豆腐就是通过真菌发酵制成的。能够导致疾病的细菌、病毒、真菌我们称之为致病性微生物。引起食物中毒的常见细菌有副溶血性弧菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等。
二、化学性有害因素。农药、灭鼠药、亚硝酸盐、兽药和工业废水是常见的化学性有害因素。滥用农药、兽药和在食品中添加有害化学物质会对食品带来化学污染。
三、物理性有害因素。食品中混有金属、玻璃等杂质是常见的物理性有害因素。