1、核定水稻种植面积。首先由农民自报水稻种植面积，经所在村核实、公示确定后，上报财政所。镇财政所公示后将水稻（玉米）种植面积通过涉农补贴一本通管理系统报财政局。
2、确定直补资金额度。根据上级部门核定的补贴标准以及确认的水稻（玉米）良种种植面积，确定补贴资金额度。
3、兑付资金。根据确定的资金额度，在规定时间内将补贴资金通过涉农一本通信息管理系统将补贴资金直接发放到农民手中。
4、监督检查。财政所对良种补贴过程中的面积核实、公示、资金兑付等环节进行检查，确保面积准确，资金专款专用，及时、足额兑付。