导致智力障碍的原因十分复杂，通常不是由单一的原因造成的，而是多种原因综合所致，目前已确知的主要原因有：
（1）产前因素 ①染色体异常，最常见的如21-三体综合征（唐氏综合征），患儿体细胞中第21对染色体多一条，形成21-三体，造成智力障碍；②先天性代谢疾病，最常见的是苯丙酮尿症，由于基因缺陷，人体缺少苯丙氨酸羟化酶，导致食物中所含的苯丙胺酮酸不能正常转化，积累在婴儿体内，严重影响大脑发育；半乳糖血症是一种造成智力障碍的先天性糖类代谢性疾病；③由于神经管闭锁不全导致的发育异常，如无脑症、脊柱裂、脑膨出、脑积水等都会严重影响大脑智力功能，导致智力障碍。④母体因素，由于母亲孕期营养不足导致胎儿营养不足，母亲酗酒、吸毒以及母亲患水痘、风疹、糖尿病、接受放射性照射等，都可导致胎儿智力发育迟缓。
（2）围产期因素 围产期是影响胎儿智力的关键时期。常见的导致智力障碍的围产期因素包括：①母亲患有高血糖、低血压、贫血、糖尿病；②异常生产如早产或低体重、胎位不正、脐带绕颈、助产不当等造成的窒息、缺氧或意外产伤等都有可能导致智力障碍；③新生儿疾病，如新生儿颅内出血、新生儿癫痫等，败血症、脑膜炎、高胆红素血症、低血糖症、甲状腺功能低下等。
（3）产后因素 新生儿出生后头部受伤害、高热惊厥、癫痫、中毒、营养不良、脱髓鞘疾病、退化性疾病等因素都可能导致智力障碍。
（4）社会文化因素 处于社会文化不利环境中的儿童，其智力发展和社会适应能力发展明显受到制约，会远远落后于同龄儿童。如贫困边远地区由于社会文化环境不利而对儿童的智力发展造成消极的影响。