鱼台县畜牧兽医局建立健全“良种繁育体系、动物防疫体系、质量安全体系、和科技服务体系”四大体系，实现了畜牧业发展水平得到全面提升的预期目标，有力地推动了全县现代畜牧业发展进程。
一是科学的良种繁育体系。加强品种改良工作。按照产业化的要求，逐步建立与市场相适应、与生产相结合的高科技、高效益的良种繁育体系和优化杂交生产模式，大力开展以生猪人工授精、牛羊冷配为重点的品种改良工作，目前全县畜禽良种普及率达到90%以上，为发展现代畜牧业注入了新的动力。
二是全面的动物防疫体系。加大对村级防疫员的培训和管理力度，在每个行政村配置1名村级动物防疫员，以县动物疫病预防控制中心和县动物卫生监督所为中心，10个镇(街)畜牧兽医站，加392个行政村为支撑的县、乡、村三级动物防疫体系日渐完善，同时进一步加强动物标识及疫病可追溯体系建设，切实加大了畜禽养殖场（户）的免疫建档指导力度，实现了“全程监管、有据可查”，从源头上保证畜禽及其产品质量安全。
三是实用的质量安全体系。与各养殖场、小区签订了确保畜产品质量安全的社会公开承诺书，并与各镇（街）畜牧兽医站签订了畜产品质量安全责任书，进一步明确了责任，强化了监督。同时对全县规模养殖小区（场）实行登记备案制度，按照农业部《畜禽标识及养殖档案管理办法》建立了规范化的养殖档案，实现了畜产品质量可追溯。
四是及时的科技服务体系。大力实施了“畜牧科技助农增收行动”、科技人员“挂、包、帮”活动、畜牧科技人员“进村入户”行动、科技“三下乡活动”及“养殖技术培训班”等活动，采取“领导包片、科技人员包乡、乡镇技术人员包场”的方式，极大地提高了畜牧养殖科技水平，为广大人民群众送去了及时有效的科技服务。