饲料配方除了需满足畜禽的生产性能要求外，所添加的原料应符合国家的卫生标准，同时应贯彻国家在饲料方面的有关法规，严禁使用违禁药物和抗生素药渣。对于需要添加药物的饲料，应添加国家准许应用的药物，同时必须符合适用动物范围、用量、停药期和注意事项要求。为了节约饲料生产成本，充分利用饲料资源，一些非常规饲料原料被应用。使用这些原料时，对于本身具有某些毒性的原料，应采取措施加以防范。
随着生物技术的发展，转基因作物和其副产品用作饲料的比例在逐渐增加，诸如高油玉米、高赖氨酸玉米、低毒油菜籽饼粕、高蛋氨酸大豆等原料已在饲料生产中应用。但这些转基因植物用作饲料原料，对动物健康及畜产品的安全性尚未得出一致的肯定结论。所以选择转基因产品用作饲料原料时需持谨慎态度。
人工添加控制
在饲料工厂设计时，为了方便某些少量物料的添加，减少饲料料仓数量，节省投资费用，往往设计人工添加口，这在工艺设计上是合理的。但可能出现人工添加的失误给安全饲料生产带来威胁。为了保证人工添加的准确性，在工艺设计上可以采用声控技术和光电结合方法来控制添加物的添加。这一技术可防止添加剂的漏加或重复添加。
工艺设计和设备选择
饲料生产是通过一系列加工设备与输送设备组合而成的，合理设计工艺和选择设备也是安全饲料生产中的重要环节。主要是减少加工过程物料分级和残留，同时利用加工过程中的热处理来消除原料中抗营养因子和有害微生物的影响。
加工过程的分级在饲料加工中，饲料组分的密度差异、载体颗粒度的不同以及添加剂等微量组分与饲料中的其他用量较大组分之间混合不充分，这是产生分级的重要原因。原料的输送、装料和卸料等加工流程也会造成分级，手工操作和加工工艺流程设计不当也易造成分级。减小分级的措施是合理设计饲料加工工艺流程和选择优质精密的设备；通过调整原料的组成和粉碎的粒度来保证原料混合的均匀；对微量组分进行有效承载，以改变微量组分的混合特性；添加液体组分增加粉料的粘结；将产品进行制粒或膨化也有助于避免上述现象的发生。对于粉状产品，混合以后的成品粉状料应尽量减少输送距离以减小物料分级的影响。