农民专业合作社可设分支机构
根据《条例（草案）》的规定，农民专业合作社的设立，应先召开由全体设立人参加的设立大会，并经工商部门登记，而后领取农民专业合作社法人营业执照，从而取得法人资格。农民专业合作社还可以设立分支机构，但分支机构不具有法人资格。
为了减轻合作社的负担，《条例（草案）》特别规定，自农民专业合作社设立、变更或者注销登记之日起20日内，“登记机关”应该将有关信息“抄送同级农业行政主管部门”。另外，县级以上政府还将设立农民专业合作社专项扶持资金，采取直接补助、贷款贴息等方式支持合作社的发展，农民专业合作社还可享受国家和省有关扶持中小企业、民营经济发展的优惠政策。
合作社成员农民至少占八成
在农民专业合作社的成员组成上，企业、事业单位或者社会团体成员也可参与。但《条例（草案）》也明确规定，“农民至少应当占成员总数的百分之八十”，如果成员组成发生变化，农民成员低于法定比例，则“应当自事由发生之日起六个月内，采取吸收新的农民成员入社等方式”，使农民成员达到法定比例。
另外，《条例（草案）》还明确鼓励和支持高等院校、中等职业学校和科研院所与农民专业合作社联合开展技术合作，并且鼓励各类人才创办、加入农民专业合作社，特别是鼓励和支持科研人员以知识产权出资加入农民专业合作社。
在农民专业合作社成员大会的选举和表决方面，实行一人一票制，成员各享有一票的基本表决权。而出资额或者与本社交易量（额）较大的成员，则可按照章程规定享有附加表决权，但“本社的附加表决权总票数，不得超过本社成员基本表决权总票数的百分之二十”。
政府将建贷款担保和风险补偿机制
对于农民专业合作社成员普遍关注的盈余分配问题，《条例（草案）》也有着详细的规定。合作社当年可分配的盈余是指“在弥补亏损、提取公积金后的当年盈余”。
其中“按成员与本社交易量或者交易额比例返还，返还总额不得低于可分配盈余的百分之六十”，剩余部分则“以成员账户中记载的出资额和公积金份额，以及本社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产平均量化到成员的份额，按比例分配给本社成员”。
对于农民专业合作社在资金需求和风险抵御方面，《条例（草案）》除了规定各级政府应当鼓励金融机构对农民专业合作社增加贷款规模，扩大金融服务外，还明确各级政府应当建立农民专业合作社贷款担保和风险补偿机制，政府扶持的政策性担保机构应当为农民专业合作社贷款提供担保服务，经营农业政策性保险的保险机构应当为具备条件的农民专业合作社成员提供农业政策性保险服务。